今年刚刚结束的诺贝尔奖颁发，生理医学奖颁给三位研究生理时钟之分子机制的学者，表彰他们对人体研究的重大贡献。
生理时钟的运作与人体健康息息相关，打乱生理时钟可能使人生病，甚至导致更严重的问题。
英国牛津大学神经科学教授佛斯特(Russell Foster)指出，人类长期忽视生理时钟中睡眠的重要性，最明显的例子就是夜间工作。生理时钟混乱可能导致强迫性行为(impulsive behavior)，也可能导致肥胖甚至癌症等疾病，例如需要轮班工作的护理师和工厂工人，就常有健康问题。
当人强迫自己保持清醒时，身体进入“兴奋阶段”，刺激皮质醇(cortisol)的分泌。皮质醇是种压力荷尔蒙，提高血压和血糖，产生免疫抑制作用，让人保持清醒。
短期的生理时钟混乱，最常见的是搭飞机的时差，例如从巴黎搭机到洛杉矶，时钟提早九个小时，就足以扰乱进食和睡眠。
如果在该休息的时候强迫自己保持清醒，形同“和魔鬼打交道”，长期下来对疾病的抵抗力反而变差。此外，生理时钟不规律，连带用餐时间也不正常，可能导致新陈代谢降低，卡路里不易燃烧而转化成脂肪，导致肥胖。
曼彻斯特大学神经科学教授佩金斯(Hugh Piggins)表示：“你提高与正常水平不同的心跳、血压和胰岛素，而身体并没准备好，这形同欺负身体。”
长期的生理时钟混乱和许多疾病有关，例如忧郁症、躁郁症、认知障碍、记忆或其他的神经疾病。
世界卫生组织早于2007年提出报告称，扰乱生理时钟可能致癌，因为人体未能遵循白天工作、晚上休息的自然规律。法国国家健康暨医学研究院(Inserm)神经生物学家葛洪费(Claude Gronfier)说：“世界上没有任何一种药能让你加快或减慢生理时钟。”
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